Todos os órgãos gestores de Unidades de Conservação podem pleitear esses recursos. No caso do governo federal, o órgão correspondente é o ICMBio. Para as Unidades de Conservação estaduais, o INEA, através da Diretoria de Biodiversidade, Áreas Protegidas e Ecossistemas, pode ser proponente, assim como a SEA, através da Superintendência de Biodiversidade. As prefeituras podem apresentar projetos que beneficiem suas Unidades de Conservação municipais. Por fim, os proprietários de Reservas Particulares de Patrimônio Natural (RPPNs) também estão aptos a pleitear recursos do Fundo.
Os recursos do FMA destinam-se à implantação e à manutenção de Unidades de Conservação através de obras, prestação de serviços e aquisições de bens e equipamentos.
A fiscalização é de responsabilidade compartilhada entre vários atores: SEA, Gestores Operacionais, Coordenadores de projetos, Conselheiros da Câmara de Compensação Ambiental e outras instâncias com delegação de competência para aprovar e acompanhar projetos. Cada um desses atores possui atribuições de acompanhamento e gerenciamento das atividades em diferentes momentos da aplicação dos recursos, desde a entrada dos valores no Fundo, passando pela aprovação de projetos, processos de contratação de serviços e aquisição de bens, execução, prestação de contas e apresentação de resultados.
Qualquer cidadão pode escrever projeto que tenha como objetivo beneficiar uma ou mais Unidades de Conservação. Contudo, conforme a apresentação e a defesa do projeto, perante o colegiado que delibera as aprovações devem ser feitas pelos órgãos gestores de Unidades de Conservação. No que diz respeito às doações, o Fundo está apto a receber recursos dessa natureza.
A Secretaria Executiva da Câmara de Compensação Ambiental com apoio dos gestores operacionais e do gestor financeiro do Fundo, conforme previsto na legislação.
Os recursos são privados, com destinação pública para Unidades de Conservação federais, estaduais, municipais e RPPNs situadas no território fluminense.
